La primitiva chiesa di San Francesco viene eretta nella piazza medievale più importante della città, unitamente all’annesso monastero dei monaci conventuali, a partire dal 1319 a seguito della distruzione dell’originario convento dei frati che si trovava sul colle di San Pietro poco prima della “porta vecchia”.
Sidimostrò da subito troppo piccola e si procedette dapprima ad ingrandirla modificandone la pianta e durante il secolo XVfurono effettuati ulteriori, radicali lavori di ampliamento e fu costruito il campanile. Con la demanializzazione dei beni ecclesiastici a seguito dell’Unità d’Italia, la chiesa è stata lasciata in un deplorevole stato di abbandono. Soltanto nella metà degli anni ’50, dopo lavori di restauro e consolidamento che hanno permesso di riscoprire i numerosi affreschi dipinti sulle pareti, la chiesa è stata adibita a Pinacoteca comunale. Vi si conservano due pregevoli tavole di Nicolò Liberatore e Matteo da Gualdo; nell’abside si ammira uno splendido crocifisso della metà del duecento. Sono presenti anche quadri di notevole fattura e il monumento funebre del vescovo Favorino.